月15日，清军惠州总兵黄应杰部五千余人进抵南宁城下，与先期抵达的尚可喜、耿继茂所部会师，使得南宁城下的清军总兵力达到两万八千余。
清军于九月上旬攻肇庆开始，在不到两个月时间，迅速杀至广西，连克梧州、苍梧、藤县、岑溪、容县、怀集、北流、博白、兴业、陆川、郁林、浔州、横州等二十余城。如今大军云集南宁城下，自然想毕其功于一役，攻克南宁，再顺势攻入云贵，将大西军老窝给掏了。如此，正在攻湖北的西军将成无根之萍，或可不战自溃。
早在清军入关之前，孔、尚、耿三人便被编入汉军八旗，其中孔有德部编入汉军正红旗，尚可喜部编入汉军镶蓝旗，耿仲明部编入汉军正黄旗。
三王在去年受命分头攻打广西和广东时，兵力还很薄弱，孔有德原有辽兵（辽东八旗汉军）仅三千一百人，拨入新兵一万六千余，凑足了两万人；尚可喜原有辽兵两千五百人，补充新兵七千五百余，凑足一万人；耿仲明原有辽兵两千三百人，补充新兵七千六百余，亦凑足一万人。
如今打了近两年时间，孔有德被李定国从桂北一路逐回湖北，连战连败，兵力仅剩四千余。而尚、耿两人却是兵力越打越多，不仅兵力均膨胀到两万余，而且攻下了大半个广东和广西，可谓志得意满。尤为让两人欣喜的是，只要破了南宁，夺取广西，那距离他们改封就藩的云贵两省，就已经不远了。
从广东一路杀来，除了肇庆遇到一些麻烦，其后不论是大西军也好，明军也罢，无不望风而逃，几无经历大战，这让清军又找到了刚入关时熟悉的节奏。果然，这大西军主力全部都集结至湖广战场了，以至于广西空虚，平白让我大清兵马如此顺畅地攻入广西腹地。
就在所有清军将领认为，南宁城也会如同前面的梧州、浔州、郁林等几个大城一样，会被轻松攻占，然后就可以撵着大西军的步伐，继续往西攻入云南。但集大军数日附蚁攻城，竟然迟迟无法破城，城中守军异常顽强，并且还拥有数门火炮，使得清军在城下死伤累累。
随后几日，清军改变围三厥一的攻城模式，转而集中所有兵力，对南宁城展开四面围攻，妄图以优势的兵力，破开一点，然后引大军入城。但数日下来，仍难以攻破城池。
其实，一路顺利地攻至南宁，让清军有些误判了形势，大大低估了南宁守军的实力。虽然自攻入广西以来，势如破竹，各地大西军望风逃窜，空城而走。但清军歼灭的西军并没有多少，而是基本保存完整，逐步退至南宁。如今，整个南宁城中，有李定国所部一万两千余精锐，加上陆续逃至城中的部队，总兵力已有两万三千余，在整体实力上并不弱于攻来的清军。
日，午后，清军刚刚结束了一次全面攻城行动，部队尚未返回营中。南宁城几座城门突然洞开，西军以十余头战象为前导，两万余战兵倾巢出动，朝正在退后的清军掩杀过来。
是役，清军大败，损兵一万五千余，惠州总兵黄应杰于战阵之中避之不及，被战象踩踏而亡，尚可喜、耿继茂领败军一路逃回横州（今广西横州市）。
日，李定国督大军两万余，围横州，以火炮轰开城门，再破清军。
尚可喜、耿继茂仅领六千余溃兵，狼狈东蹿，逃至浔州（今广西贵港市）。然而，未及喘息，李定国部军马又攻至，清军未敢抵抗，弃城而逃，朝梧州而去。
日，清军连续放弃藤县、岑溪、容县、怀集、北流、博白、兴业、陆川、郁林，一路逃至梧州城下。
然而，让清军绝望的是，梧州竟然在数日前被柳州而来的大西军攻破，生生挡住了他们逃往广东的道路。
无奈之下，清军丢弃大量不易携带辎重物资，穿越山间小路，奔肇庆而去。
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日，就在李定国于南宁城下大破清军之时，齐国集结陆战队官兵一千余，乡兵八百余，自救军四个营头一千五百余，忠义军三个中队四百余，并联合顾三麻子部，兵力总计六千余，动用十余门重炮勐轰广州城，将此前毁损严重的西北角城垣再次轰塌。郑军由此大溃，三千余跪地请降，广州城旋即克复。
广州即下，齐军随即分兵三千余，乘坐百余小船，沿西江上朔，直驱肇庆。
肇庆数月前尚在明军手里，为南阳伯李元胤（李成栋养子）驻守。本来在去年广州失陷后，肇庆已经及及可危，城中守军不到四千人，若是清军大举围攻，城破人亡也是旦夕之间。
不过，尚可喜、耿继茂等人因为清廷将广东改封郑芝龙，使得两人大为不满，便借口粮饷不足，部队需要休整为由，簇聚在广州附近，迟迟未攻肇庆。
待到了八月底，清廷发来调兵文书，急令尚可喜、耿继茂等部清军主力，迅速攻入广西，击大西军后路，为日益艰难的湖广战场缓解一下压力。
借着清军刻意放水的时机，李元胤遂命城中军民加强城池的防御力度，特意修葺了四周的城墙，增建炮台数座、窝铺六十余间，水城之上增添炮台两座，并拆除了离城四尺以内的所有房屋，用以增置楼堞。
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